意外とあっさりと解決しました。
[HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Layouts\e0010409]
"Ime File"="\\windows\\et9ime.dll"
"Layout Text"="eT9 IME"
"Keyboard Layout"="00000409"
のLayout TextとIme FileをATOKのもの*1と同じ値に変更するだけでした。
現象とこのレジストリから当然の動きでしたね。
でも、こんな設定旧ROMの時にはした記憶がないのですが、新ROMだからなのでしょうか？
