昨日あった問題のうち、GPRS設定とCommManagerは解決しました。GPRSは記述間違い、CommManagerはリアルVGAリソースがじゃまをしていました。
それ以外は未解決のままです。
あと今日見つけたのは、初回起動時のExtendedROMでのセットアップができません。セキュリティ関係のレジストリ記述を漏らしたらしく、SetSecurityを起動してオフにした後AutoRunを手動実行すれば問題ありませんでした。
init*.datは記述が大変そうなので、この状態で運用しながら少しずつ作っていきたいと思います。
まだ道は険しいです。